女性生殖道中的微生物群是由多种需氧菌、厌氧菌和微需氧菌组成的复杂集合体，它们在生殖道内进行复杂的相互作用。健康的阴道微生态是抵御病原体入侵的第一道防线。微生态失调会增加HPV病毒的易感性和持续感染风险。

沙眼衣原体、生殖支原体、人型支原体、解脲支原体、淋球菌、单纯疱疹病毒川型等多种生殖道病原体可通过免疫抑制，炎症微环境，基因组不稳定，细胞周期调控紊乱，多途径促进HPV持续感染和宫颈上皮恶性转化；共感染率随病变级别升高而增加，多病原体阳性者发生CIN2+的风险显著升高。